Tämän vuosisadan alussa japanilaiset asiantuntijat aikoivat tutkia Tutanhamonin muumion DNA: ta saadakseen selville, oliko hän Amenhotep III: n poika. Tämän ehkä tunnetuimman egyptiläisen faraon salaperäisen kuoleman ohella historioitsijat eivät tienneet tarkalleen kuka hänen isänsä oli. Oli vain arvauksia, versioita ja oletuksia. Mahdollisuus auttoi vastaamaan kuuluisan kuninkaan alkuperää koskevaan kysymykseen.
Yhdessä Keski-Egyptin arkeologisista arkistoista, josta löytyy monia arkkitehtonisia katkelmia reformaattorin farao Akhenatenin ja hänen vaimonsa Nefertitin pääkaupungista Akhetatonista, Atonin temppeleistä, löytyi viime vuoden lopulla kalkkikivikivi, jossa oli merkintöjä.
ARE: n korkeimman antiikkiesineuvoston mukaan se kuvaa nuorta Tutanhamonia istumassa vaimonsa Ankhesenamunin kanssa (Ankhesenpaaton - "Hän on elossa (jumala) Atenille" - se oli Ankhesenamunin nimi hänen hallituskautensa ensimmäisinä vuosina). Loppuun jääneen tekstin perusteella, jossa käytetään pariskunnan nimien varhaisia, aurinkoa palvovia muotoja, esitetään tässä "kuninkaan poika lihasta, Tutankhaton" ja hänen vaimonsa "kuninkaallinen tytär lihastaan, Ankhesenpaaton".
Lohko kuului Akhetatonin varhaisiin rakenteisiin, joiden tuhoutumisen jälkeen Ramses II: n alla sitä käytettiin yhdessä kymmenien tuhansien vastaavien temppeliseinien fragmenttien kanssa Thothin temppelin pylvään rakentamiseksi Hermopolisiin. Jos lohkoa käytettiin aiemmin Akhetatonissa, se tarkoittaa, että ainoa kuningas, joka voisi olla kummankin puolison isä, on Akhenaten. "Muista lähteistä tiedämme, että Ankhesenamun oli Akhenatenin ja Nefertitin tytär", sanoo Korkeimman antiikkineuvoston pääsihteeri Zaha Hawass. "Nyt voimme sanoa luottavaisin mielin, että Tutanhamon oli myös Akhenatenin poika ja meni naimisiin hänen sisarensa kanssa."
Akhenaten, joka joidenkin asiantuntijoiden mukaan kärsi Marfanin oireyhtymästä (sidekudoksen perinnöllinen sairaus, jolla on luonteenomaisia muutoksia tuki- ja liikuntaelimistössä) ja Frolikhin oireyhtymästä (taipumus olla ylipainoinen), yritti uudistaa maanmiehensä uskontoa. Halu ottaa käyttöön monoteismi (Atonin palvonta) maassa antoi Sigmund Freudille mahdollisuuden kutsua Akhenatenia (tai Amenhotep IV) profeetta Mooseksen edeltäjäksi ja jopa mentoriksi. Egyptiläisen kultin uudistus Akhenatenin aikana herätti pappien vastustusta.
Akhenatenin hallituskauden 17. vuotena yksi hänen poikistaan, Smenkhkar, nimitettiin hallitsijaksi. Akhenaten erotettiin pian ja oletettavasti sokaisi. Vuoden hallituskauden jälkeen Smenkhkare välitti kruunun nuoremmalle veljelleen Tutankhatonille, joka muutti nimensä Tutanhamoniksi, mikä osoittaa paluuta Amun-jumalan palvontaan. Tutankhamun hallitsi 10 vuotta ja kuoli nuorena.
Kysymys Tutankhamunin äidistä on edelleen avoin. Todellisimpana kilpailijana pidetään kuningatar Kiya - yksi Akhenatenin nuoremmista puolisoista, luultavasti alun perin nimellä Mitannin prinsessa Taduheppa, joka tuli Egyptin tuomioistuimeen diplomaattisen avioliiton seurauksena. Kuningatar Kiya kuoli, todennäköisesti synnytyksen aikana. Sarkofagi kuningatar Kiyan hautaamista varten löydettiin vuonna 1907 Kuninkaiden laaksosta. Berliinin museossa pidettävä muistomerkki, jossa on kuningatar Kiyan kasvot, muistuttaa silmiinpistävää Tutanhamonin ulkonäköä.