Mutta asia ei ole vain Pietarin sijaintipaikan mystiikassa. Itse luonnolla on täällä tumma aura. Tutkijoiden mielestä Pohjoinen pääkaupunki sijaitsee neljän tektonisen levyn: toisaalta Baltian kilven ja Venäjän levyn ja toisaalta kahden laajan luoteisvikaan liittyvän levyn risteyksessä.
Maapallonkuoren vikojen yläpuolella olevat paikat ovat geopatogeenisiä. Maapallonkuoressa esiintyvät geologiset viat aiheuttavat voimakkaita muutoksia pinnan sähkömagneettisessa kentässä. Lisäksi radoni, väritön ja hajuton radioaktiivinen monatominen kaasu, voi tulla pintaan tällaisissa paikoissa. Kun radoni on ihmiskehossa, se laukaisee siinä patologisia prosesseja, jotka johtavat keuhkosyöpään - sitä pidetään toiseksi yleisimmäksi (tupakoinnin jälkeen) tekijäksi, joka provosoi tämän taudin.
Uskotaan, että asuminen geopatogeenisillä alueilla vaikuttaa negatiivisesti ihmisen fyysiseen ja henkiseen terveyteen. Tällaisilla alueilla asuvat ihmiset sairastuvat todennäköisemmin, täällä tapahtuu usein onnettomuuksia, auto-onnettomuuksia, ihmisen aiheuttamia katastrofeja. Pietarissa 20–40 prosenttia kaupungin väestöstä asuu geopatogeenisillä alueilla. Krasnoselskyn aluetta, Vasilievskysaaria, Ozerkia, Grazhdankaa, Kupchinoa ja Nevajoen varrella sijaitsevia alueita pidetään geopatogeenisinä vyöhykkeinä.
Vuonna 1995 tutkijat E. K. Melnikov ja V. A. Rudnik suorittivat tutkimuksen lääketieteellisistä tilastoista Grazhdansky prospektin alueella. Tutkittuaan poliklinikoiden avohoitokortteja he havaitsivat, että joissain kodeissa elinajanodote oli huomattavasti keskimääräistä alempi ja esiintyvyys korkeampi. Sepelvaltimon sydänsairauksien sairastuvuuden ja syöpäpotilaiden määrän lisääntymisen havaittiin lisääntyvän (Pietari on yleensä yksi Venäjän johtavista joukosta syöpäpotilaiden määrää tuhatta väestöä kohti). Tutkijat ovat todenneet, että nämä talot sijaitsevat vain maankuoren vioissa.
Mutta tutkijoiden mukaan geopatogeeniset vyöhykkeet eivät vain aiheuta sairauksia, vaan myös stimuloivat ihmisen luovaa toimintaa, ja ilmeisesti tästä syystä Pietaria pidetään Venäjän kulttuuripääkaupunkina, ja täällä asuvien väestön luova aktiivisuus on aina ollut erittäin korkeaa.