Ensimmäisen tunnetun salaustekniikan sovelluksen uskotaan olevan erityisten hieroglifien käyttö noin 4000 vuotta sitten Muinaisessa Egyptissä. Elementit salaamisesta löydettiin jo Vanhan ja Keskimmäisen kuningaskunnan kirjoituksista, täysin salatut tekstit ovat olleet tiedossa XVIII-dynastian ajanjaksosta lähtien. Pikografiasta johdettu hieroglifinen kirjoittaminen oli täynnä ideogrammeja, ja vokalisaation puutteen vuoksi mahdollinen puheohjelmien luominen palapelien periaatteen mukaisesti.
Egyptiläisten kryptografiaa ei käytetty vaikeuttamaan lukemista, vaan todennäköisemmin kirjoittajien halu ylittää toisiansa nokkeluudella ja kekseliäisyydellä ja kiinnittää myös epätavallisen ja salaperäisen avulla huomiota teksteihinsä. Yksi havainnollistavista esimerkeistä on aatelisen Khnumhotep II: n (XIX luvun eKr.) Ylistystekstit, jotka löydettiin hyvin säilyneestä haudasta nro BH 3 Beni Hasanin alueelta.
Muinaiset egyptiläiset käyttivät ainakin kolmea salausjärjestelmää.
Muinaisissa intialaisissa teksteissä 64 taiteesta nimettiin menetelmät tekstin muuttamiseksi, ja osa niistä voidaan katsoa kryptografisiksi. Mesopotamian keramiikkalasin valmistusreseptin tabletin kirjoittaja käytti harvinaisia merkintöjä, jätti kirjaimet pois ja korvasi nimet numeroilla piilottaakseen kirjoitetun. Jatkossa on olemassa erilaisia viittauksia salauksen käyttöön, joista suurin osa liittyy käyttöön sotilasasioissa.
Foneettisen kirjoittamisen myötä kirjoittamista yksinkertaistettiin heti. Muinaisessa semitaalisessa aakkosessa II vuosituhannella eKr. Oli vain noin 30 merkkiä. Ne merkitsivät konsonantteja samoin kuin joitain vokaalien ääniä ja tavuja. Kirjoittamisen yksinkertaistaminen johti kryptografian ja salauksen kehittämiseen.
Esimerkkejä salauksen käytöstä löytyy pyhistä juutalaisista kirjoista, mukaan lukien profeetta Jeremian kirja (6. vuosisata eKr.), Jossa käytettiin yksinkertaista salausmenetelmää, nimeltään atbash. Aakkosten ensimmäisen kirjaimen sijasta he kirjoittivat viimeisen, toisen sijasta - viimeisen viimeisen, ja niin edelleen.
Yksi vanhimmista tunnetuista salauslaitteista on skitala, joka tunnetaan myös nimellä "muinaisen Sparta-salaus". Skitala (tai scitala kreikan σκυτάλη, sauva) on laite, jota käytetään permutaation salaamiseen. Skitala koostui sylinteristä ja kapeasta pergamenttiliuskasta, joka oli kääritty sen ympärille spiraaliin, jolle kirjoitettiin viesti. Spartanit keksivät tämän laitteen, ja sen tiedetään käyttäneen Sparta-sodan Ateenaa vastaan 5. vuosisadan lopulla eKr. e.