Raportti Perusta löydettyjen muumioiden kudosnäytteiden geenianalyysin tuloksista. Tämä raportti laadittiin marraskuussa 2018.
Esiintyjät
- CEN4GEN labs (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Kanada T6E 6T9) - Näytteiden valmistelu ja sekvensointi.
- ABRAXAS BIOSYSTEMS SAPI DE CV (Meksiko) - tietokonedatanalyysi.
Alustavan laadun analysoinnin jälkeen 3 näytettä otettiin seitsemästä toimitetusta näytteestä lisäanalyysia varten.
Näytteet analysoitavaksi
| nimitys | alkuperäinen nimi | Ehdollinen nimi | Kuva |
| Ancient-0002 | Kaulaluu Med istuu 00-12 Victoria 4 | Victoria | Kuva 3.117 |
| Ancient-0003 | 1 käsi 001 | Erillinen käsi 3 sormella | Kuva 3.118 |
| Ancient-0004 | Momia 5 - DNA | Victoria | Kuva 3.117 |
Näille näytteille suoritettiin seuraavat toimenpiteet:
Mainosvideo:
- DNA: n uutto.
- DNA: n laadun tarkistus.
- DNA-kertolasku.
- DNA-kirjaston luominen.
- DNA-sekvensointi.
- Puhdistetun sekvensoidun tiedon muodostuminen.
- Laadunvalvonta.
- Alustava analyysi päällekkäisellä DNA: lla lukee ihmisen perimää.
- Lyhyen DNA: n eristämistä koskeva analyysi lukee antiikin DNA: lle tyypillistä.
- Ancient0003 DNA: n päällekkäisyys lukee olemassa olevia ihmisen genomikirjastoja.
- Mitokondrioanalyysi D-silmukkavarianttien ja muiden informatiivisten kohtien havaitsemiseksi mitokondrioiden haplotyyppien määrittämiseksi.
- Näytteiden sukupuolen määrittäminen.
- Mahdollisten vieraiden organismien tunnistaminen näytteissä.
- DNA-tietokantojen analyysi tunnistamaan yhtäläisyyksiä tunnettujen organismien kanssa.
Kuva 3.117. Näytteiden otto Victorian kaulasta.
Näytteissä Ancient0004 ja Ancient0002 (Victoria) esiintyvien mahdollisten organismityyppien tunnistamiseksi suoritettiin DNA-luonnostelu (Ondov et al., 2016), jossa verrattiin lyhyiden fragmenttien ryhmiä, k-meerejä, käytettävissä oleviin tietokantoihin. Käytettiin BBTools-ohjelmistoa.
Seuraavat organismit testattiin:
- Bakteerit.
- Virus.
- Plasmidit.
- Faageja.
- Sieniä.
- Plastidissa.
- Piilevät.
- Ihmisen.
- Bos Taurus.
- H penzbergensis.
- PhaseolusVulgaris.
-
Mix2: Seuraavien genomien merkinnät:
- Lotus japonicus kloroplasti, täydellinen genomi.
- Canis lupus familiaris cOR9S3P -hajureseptoriperheen 9 alaperheen S-pseudogeeni (cOR9S3P) kromosomissa 25.
- Vigna radiata mitokondrion, täydellinen genomi.
- Millettia pinnata kloroplasti, täydellinen genomi.
- Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, koko genomin haulikko-sekvenssi.
- Asinibacterium sp. OR53 -teline1, koko genomin haulikko-sekvenssi.
- Bacillus firmus -kanta LK28 32, koko genomin haulikko-sekvenssi.
- Bupleurum falcatum -klooroplasti, täydellinen genomi.
- Alicycliphilus sp. B1, koko genomin haulikko-sekvenssi.
- Bacillus litoralis -kanta C44 Scaffold1, koko genomin haulikko-sekvenssi.
- Chryseobacterium takakiae -kanta DSM 26898, koko genomin haulikko-sekvenssi.
- Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
- Bacillus halosaccharovorans -kanta DSM 25387 Scaffold3, koko genomin haulikko-sekvenssi.
- Rhodospirillales-bakteeri URHD0017, koko genomin haulikko-sekvenssi.
- Bacillus onubensis -kanta 10J4 10J4_trimmed_contig_26, koko genomin haulikko-sekvenssi.
- Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, koko genomin haulikko-sekvenssi.
- Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, koko genomin haulikko-sekvenssi.
-
Selkärankaiset: Merkintä seuraaville genomille:
- Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
- bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
- bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
- GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
- GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
- GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
- GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
- Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
- rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
- Alkueläimet.
Kuva 3.118. Kuva ja radiokuva kahdesta kolmen sormen sormella.
Kaikkien suodattimien jälkeen vastaanotettiin 27974521 luku Ancient0002 ja 304785398 luku Ancient0004. Tämä osoittaa, että 27% Ancient0002-näytteen DNA: sta ja 90% Ancient0004-näytteen DNA: sta ei voida tunnistaa käytettävissä olevien tietokantojen analysoitujen organismien DNA-näytteillä.
Analyysin seuraava vaihe suoritettiin käyttämällä megahit v1.1.3-ohjelmistoa (Li et al., 2016). Saatiin seuraava tulos:
- Ancient0002: 60852 jatkeet, yhteensä 50459431 bp, min 300 bp, max 24990 bp, keskim. 829 bp, N50 868 bp, 884.385 (5,39%) koottu lukema.
- Ancient0003: 54273 jatkoa, yhteensä 52727201 bp, min 300 bp, max 35094 bp, keskimäärin 972 bp, N50 1200 bp, 20 247 568 (65,69%) kootut lukemat.
Analyysitulos on esitetty kuvassa.
Kuva 3.116. Luokiteltujen lukujen suhde 28073655: lle Ancient0002 lukee (yläkaavio) ja 25084962 Ancient0004 lukee (alakaavio) verrattuna 34904805 DNA-emäkseen, joka edustaa 1109518 taksonomista ryhmää.
johtopäätös
Analyysin tuloksena osoitettiin, että näytteet Ancient0002 ja Ancient0004 (Victoria) eivät vastaa ihmisen perimää, kun taas näyte Ancient0003 vastaa hyvin ihmisen perimää.
Kommentti: Korotkov K. G
Huomaa, että kolmen sormen sormi käsitti suurta olentoa, joka oli kooltaan verrattavissa Mariaan, ja saatu tulos vastaa Marian DNA-analyysin tulosta. Victoria on "pienten olentojen" edustaja, ja tulos osoittaa, että heidän DNA: nsa ei vastaa mitään nykyaikaisia maallisia olentoja. Luonnollisesti meillä ei ole tietoja muinaisista olennoista, jotka ovat kadonneet miljoonien vuosien aikana.
Linkit
- Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., ja Zody, MC (2018). taxMaps: kattava ja erittäin tarkka lyhytaikaisten tietojen taksonominen luokittelu kohtuullisessa ajassa. Genome Research, 28 (5), 751 - 758.
- Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Vertaillaan kolmen muinaisen DNA: n uuttomenetelmän suorituskykyä korkean suorituskyvyn sekvensointiin. Molecular Ecology Resources, 16 (2), 459-469.
- Huang, W., Li, L., Myers, JR ja Marth, GT (2012). ART: seuraavan sukupolven sekvenssin lukemisen simulaattori. Bioinformatics, 28 (4), 593 - 594.
- Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Ting, H.-F., Sadakane, K., … Lam, T.-W. (2016). MEGAHIT v1.0: nopea ja skaalautuva metagenomikokoonpano, jota ohjaavat edistyneet metodologiat ja yhteisökäytännöt. Methods, 102, 3-11.
- Ondov, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S., ja Phillippy, AM (2016). Mash: nopea genomin ja metagenomien etäisyyden arviointi MinHashilla. Genomibiologia, 17 (1), 132.
- Schubert, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Muinaisten ja nykyaikaisten genomien karakterisointi SNP-havainnoinnilla sekä fylogenomisella ja metagenomisella analyysillä PALEOMIX: lla. Nature Protocols, 9 (5), 1056-1082.
- Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA-Server: seuraavan sukupolven sekvensointitietoanalyysi ihmisen mitokondriaalisesta DNA: sta pilvessä. Nucleic Acids Research, 44 (W1), W64-W69.
- Zhang, J., Kobert, K., Flouri, T., ja Stamatakis, A. (2014). PEAR: nopea ja tarkka Illumina-pariliittinen reAd mergeR. Bioinformatics, 30 (5), 614-620.
Materiaalit ovat toimittaneet Konstantin Georgievich Korotkov (teknillisten tieteiden tohtori, professori, tietotekniikan yliopisto, mekaniikka ja optiikka) ja Dmitry Vladislavovich Galetsky (lääketieteen kandidaatti, I. P. Pavlovin ensimmäinen Pietarin osavaltion lääketieteellinen yliopisto)