Genome 10K -konsortion osanottajat vuosittaisessa konferenssissa, joka tapahtuu nyt New Yorkissa, ilmoittivat aloittavansa kansainvälisen projektin "Selkärankaisten genomit", jonka tehtävänä on kerätä kaikkien tällä hetkellä planeetalla elävien 66 tuhannen selkärankaisten lajien genomit. Gizmodo kertoo lisää projektin tavoitteista.
Vuonna 2009 amerikkalaiset biologit David Haussler, Oliver Ryder ja Stephen O'Brien perustivat Genome 10K -projektin, jonka tarkoituksena oli sekvensoida 10000 selkärankaisten genomia. Aluksi projektiin osallistui 55 tutkijaa suurista eläintarhoista, tutkimuskeskuksista ja museoista. Aluksi ei ollut selvää, kuinka kauan kestää riittävän laadukkaiden genomien kokoaminen. Mutta kustannusten alenemisen ja sekvensointimenetelmien yksinkertaistamisen myötä kävi selväksi, että projekti suorittaa tehtävänsä muutamassa vuodessa. Kolmen viime vuoden aikana projektin osallistujat ovat verranneet DNA: n sekvensoinnin päätekniikoita ja saatujen tulosten analysointia valitakseen tekniikan, joka luo "platinan genomit".
Eilen, Genome 10K -jäsenet ilmoittivat aloittavansa uuden selkärankaisten genomiprojektin, jonka tarkoituksena on kerätä uros- ja naarasgenomeja 66 000 selkärankaisten lajista. Hankkeeseen osallistuu 150 tutkijaa, jotka edustavat 50 organisaatiota 12 maasta. Projektin yhden perustajan, Oliver Ryderin mukaan, biologit pystyvät tämän seurauksena ymmärtämään lajien sukupuuttoon johtuvat syyt, mukaan lukien onko lajien historiassa ollut läheisiä toisiinsa liittyviä risteytyksiä, "pullonkauloja", joiden seurauksena lajin geneettinen monimuotoisuus on vähentynyt tai poistot - mutaatiot, jotka voivat "sammua" »Organismin selviytymiseen tarvittavat geenit.
Yhdessä uuden projektin ilmoituksen kanssa tutkijat esittivät välittömästi työnsä ensimmäiset tulokset: 15 selkärankaisten lajien genomit, mukaan lukien uhanalaiset kakapo-pöllöpapukaijat, endeemiset Uudelle-Seelannille, ja Australian platypus. Nämä ja kaikki muut genomit, jotka tutkijat aikovat kerätä, julkaistaan julkisesti Nooan arkki-genomic-tietokannassa.
Osallistujat aikovat sekvensoida genomisen DNA: n lyhyet jaksot ja kerätä niistä yhä pidemmät sekvenssit koko kromosomiin, ja sitten "liimata" ne käyttämällä erityisesti projektille kehitettyjä algoritmeja.
Aikaisemmin tutkijat pystyivät lukemaan ihmisen genomin älypuhelimen kokoisella taskusekoittimella. Laite teki ennätyksen DNA-molekyylin pisin lukemista varten, se pystyi sekvensoimaan sekvenssit jopa 882 tuhatta emäsparia kohti.
Ekaterina Rusakova
