Häikäisemätöntä DNA: ta sisältäviä bakteriofaageja ei voitu havaita standardimenetelmillä - mutta nyt tutkijoiden mielestä ne hallitsevat maailman valtameriä.
Jokainen vesipisara, joka ei ole liian syvä merenpinnasta, sisältää noin 10 miljoonaa virusta. Ei ole yllättävää, että biologit löytävät jatkuvasti uusia, vaikka kokonaan uuden ryhmän löytäminen on edelleen hyvin harvinaista. Näyttää siltä, että vakiotekniikat eivät yksinkertaisesti antaneet heille huomiota, vaikka tällaisia viruksiakin osoittautui erittäin lukuisiksi - ehkä, että ne ovat levinneet paitsi valtameressä ja yksinkertaisesti kiertäneet tutkijoita.
Martin Polz Massachusetts Institute of Technologystä ja hänen kollegansa tutkivat vesinäytteitä, jotka otettiin Atlantin valtameren Pohjois-Amerikan rannikolta. He etsivät viruksia, jotka sisältävät kaksijuosteista DNA: ta - tällaiset virukset ovat erittäin levinneitä, mukaan lukien herpes, ja bakteriofagi T4 (Caudovirales), joka on tuttu kaikille koulusta. Tartuttaen meribakteerien Vibrionaceae -viljelmiä, tutkijat löysivät 200 erilaista DNA-virusta, joista 18 johtui uudessa järjestyksessä Autolykiviridae. He kirjoittavat tästä Nature-lehdessä julkaistussa artikkelissa.
Ryhmän nimi viittaa kreikkalaisen mytologian sankariin Autolycusiin, ovelaan varasen, jota on yhtä vaikea saada kiinni kuin nämä virukset. "Yleisimmät virukset maapallolla ovat bakteereja infektoivia viruksia, jotka sisältävät kaksijuosteista DNA: ta", kirjoittavat Poltz ja hänen avustajansa.”Caudovirales, joissa on pyrstöviruksia, jotka hallitsevat viljelykasvien tietokantoja ja kokoelmia, eivät kuitenkaan edusta niiden läsnäoloa ympäristössä. Itse asiassa hännättömät virukset hallitsevat vesinäytteitä."
Autolykiviridae / MIT-faageilla infektoidut bakteerisolut, Kauffman et ai., 2018.
"Häntättömät" bakteriofaagit Autolykiviridae eroavat pienestä genomikoostaan - vain noin 10 tuhatta emästä, 4-5 kertaa vähemmän kuin "hännän" sukulaisilla. Niiden kyky tartuttaa ja tappaa bakteerisoluja oli myös epätavallinen. Jos tavalliset faagit kokeissa yleensä vaikuttavat yhteen tiettyyn vibrioslajiin, nämä tarttuivat keskimäärin neljä ja johtivat huomattavasti korkeampaan solukuolemaan. "Niiden todettiin aiheuttavan 40 prosenttia bakteerikuolemista, vaikka niiden osuus näytteen kaikista viruksista oli noin 10 prosenttia", selittää yksi työn kirjoittajista.
Eri lajien vibriobakteerit sijaitsevat kaavion kehällä; heihin tartuttavien virusten ympyrät liittyvät niihin: sininen - "pyrstöiset" bakteriofagit, oranssi - "häntä" Autolykiviridae / MIT, Kauffman ym., 2018.
Nämä luvut osoittavat uuden ryhmän Autolykiviridae suuren roolin bakteeripopulaatioiden säätelyssä ja koko biosfäärissä. Tutkijat ovat vakuuttuneita siitä, että heidän tekniikkansa auttaa löytämään viruksia, jotka ovat aiemmin päässeet havaitsemiseen maaperässä ja mahdollisesti ihmisen suolistossa. Samanlaisia geneettisiä sekvenssejä löytyy todellakin ihmisen mikrofloora-bakteerien genomista.
Mainosvideo:
Sergei Vasiliev