Kadonnut kaupungit Amazonissa ovat jo kauan olleet klišejiä matalan profiilin fiktioissa; vakavat tutkijat katsoivat selvan ympäristöksi, jossa voi olla vain alkeellisia ihmisen kulttuureja. Antropologiset tutkimukset ovat toistaiseksi vahvistaneet tämän näkemyksen: Amazon on intialaisten heimojen asuinpaikka, joka sijaitsee kivikauden tasolla
Arkeologiset tiedot ovat kuitenkin ristiriidassa antropologisten tietojen kanssa: Floridan yliopiston (USA) Augusto Oyuela-Caicedon tutkija suorittaa kaivauksia Koillis-Perussa, viidakossa lähellä Iquitosin kaupunkia. Hänen havaintonsa vahvistavat tieteellisissä piireissä hiljattain levinneen teorian, jonka mukaan ennen eurooppalaisten saapumista Amazoniin oli kehittynyt kulttuuri, jonka väkiluku oli jopa 20 miljoonaa ihmistä (paljon enemmän kuin Amazonin nykyiset asukkaat).
Löydät intialaisista hautoista - keramiikasta ja maasta, pääasiassa ns. Terra preta ("musta maa"), joka on paikallisen maaperän sekoitus ihmisen jätetuotteisiin, puuhiileen ja tuhkaan. Kuolleiden sukupuuttoon jääneen kulttuurin jälkiä löytyy kaikkialta Amazonista: São Paulon yliopiston brasilialaisen arkeologin Eduardo Nevesin ja hänen amerikkalaisten kollegoidensa terra preta -kerrokset löytyvät Manauksen läheisyydestä. Intialaiset kasvattivat viidakon tuottavuutta paitsi lannoittamalla maaperää: kaikkialla on viidakon alueita, joilla on epänormaali määrä puita, joissa on syötäviä hedelmiä. Kolumbiaa edeltäneellä ajanjaksolla Amazonin altaan edistyneiden sivilisaatioiden kannattajien mukaan nämä ovat hedelmätarhojen jäännöksiä. Arkeologiset löydöt Boliviassa ja Brasiliassa (lähellä Xingu-jokea) osoittavat:jo 1. vuosituhannen lopulla jKr. Amazonin asukkaat pystyivät siirtämään tonnia maaperää, rakentamaan kanavia ja patoja, jotka muuttivat joenpohjaa.
Tutkijoiden näkemysten muutos Amazonin altaan muinaisista kulttuureista alkoi Chicagon Illinoisin yliopiston Anna Rooseveltin tutkimuksella 1980-luvulla: Maailman suurimmalla makeanveden saarella, Marajo Amazonin suulla, löydettiin talon perusta, korkealaatuinen keramiikka ja jäljet kehittyneestä maataloudesta.
Tutkijat, jotka kiistävät kehittyneiden kulttuurien olemassaolon Amazonissa aiemmin (esimerkiksi Betty Meggers Smithsonian instituutiosta), pitävät teoreetikkoja opportunisteina, jotka pyrkivät kuuluisuuteen vastustamalla klassisia näkemyksiä. He väittävät: jos Amazonin vesistöalueella oli edistyneempiä autoktonisia kulttuureja kuin nyt, niin ne eivät poikkea liikaa nykyisistä - ei kehitystasolla eikä väestöllä.
Kehittyneen Amazonin taitajat lainaavat espanjalaista Dominikaanista munkkia ja kronikoitsijaa Gaspar de Carbajalia, jotka vuonna 1541 Napojoen varrella purjehtineet kirjoittivat "kuohuviineistä valkoisista kaupungeista", "erittäin hedelmällisestä maasta", "kauniista teistä" ja kanooteista, jotka kykenevät kantamaan kymmeniä sotureita. … Tutkijat väittävät, että edistynyt sivilisaatio menehtyi eurooppalaisten synnyttämien sairauksien takia, ja puusta ja suhteellisen pienikokoisista pelloista rakennetut kaupungit viidakoon nielaisivat nopeasti ja melkein kokonaan. (Tässä yhteydessä on muistettava, että eri kulttuureilla on erilaiset kyvyt jättää jälkiä arkeologien tarpeisiin - käytetyistä materiaaleista riippuen. Jos muutama ihmeellisesti säilynyt muistiinpano helposti hajoavasta koivunkuoresta olisi pitänyt, suurin osa muinaisista Novgorodialaisista olisi pitänyt lukutaidottomina.)
Ja vielä yksi syytös niitä vastaan, jotka pitävät Amazonia erittäin kehittyneiden kulttuurien kotimaana: Lausunnollaan alueen kyvystä ruokkia miljoonia ihmisiä vahingoittamatta ympäristöä ne auttavat yrityksiä, jotka lobbaavat alueen aktiiviseen kehitykseen. Eduardo Neves vastaa tällä tavalla: "Me inhimoimme Amazonin historian."